Kisahnya mengisahkan seorang anak laki-laki bernama BoBoiBoy yang mencari sumber kekuatan baru. Dalam pencariannya, BoBoiBoy dan kawan-kawannya selalu dihadang oleh musuh-musuh mereka, Adudu dan Probe.

Sinopsis BoBoiBoy Galaxy Windara

BoBoiBoy Galaxy Windara mengisahkan petualangan BoBoiBoy di Planet Windara. Ia tiba di planet tersebut dalam upayanya mencari Kekuatan Elemen Tahap Tiga.

Bersama rekan setianya, Yaya, Gopal, Ying, dan Fang, BoBoiBoy berpetualang di Windara. Namun, saat bertemu dengan pemimpin asli planet tersebut, Kuputri, BoBoiBoy merasa ragu.

BoBoiBoy yang sudah berhasil menguasai kekuatan elemen angin di planet Windara akhirnya merasa bahwa Kuputri lebih membutuhkan kekuatan itu, terutama untuk menyelamatkan rakyatnya dari ancaman alien yang ingin menaklukan Windara. Kuputri harus melawan alien-alien ini dengan kekuatan elemen angin.

Para alien yang hadir di seri Windara berwujud serangga seperti ngengat, semut, dan kepik. Nama-nama musuh BoBoiBoy adalah Marios, Kaisar Reramos, Papillon, dan Prajurit Kelakatoa.