Pada 11 Agustus 2025, ia menyatakan pengunduran diri dari jabatan Direktur Utama Agrinas.

“Saya selaku Direktur Utama PT Agrinas Pangan Nusantara menyampaikan bahwa pada hari ini, 11 Agustus 2025, kami telah mengajukan pengunduran diri yang diserahkan kepada Danantara pada siang hari ini,” tegasnya saat itu.

Dalam pernyataannya, Joao menyinggung tantangan internal yang dihadapi perusahaan, termasuk persoalan dukungan anggaran.

“Sehingga sampai hari ini kami belum mendapatkan dukungan maksimal untuk merealisasikan langkah-langkah yang telah disiapkan. Termasuk dukungan anggaran, hingga kini Agrinas Pangan Nusantara masih nol,” ujarnya.

Ia juga menyoroti persoalan administratif yang dinilainya berlarut-larut.

“Termasuk teman-teman di Danantara yang masih terbelenggu oleh administrasi yang panjang, rumit, bertumpang tindih, dan tidak pernah selesai. Akibatnya, sudah enam bulan kami belum bisa melakukan apa pun,” kata dia.

Meski sempat menyatakan mundur, hingga kini Joao masih tercatat memimpin Agrinas Pangan Nusantara.