Memimpin Lemhannas dan Tugas Diplomatik

Pada 15 April 2016, Agus Widjojo diangkat sebagai Gubernur Lemhannas RI. Ia memimpin lembaga tersebut hingga 12 Januari 2022.

Setelah menyelesaikan masa tugas di Lemhannas, Presiden Joko Widodo melantiknya sebagai Duta Besar Luar Biasa dan Berkuasa Penuh Republik Indonesia untuk Filipina pada 12 Januari 2022.

Dalam penugasan diplomatik tersebut, Agus juga merangkap sebagai duta besar untuk Republik Kepulauan Marshall dan Republik Palau hingga akhir hayatnya.