Pada tahun 2000, Fujimori melarikan diri ke Jepang setelah muncul skandal korupsi yang melibatkan kepala intelijennya yang tertangkap menyuap anggota parlemen.

Dari pengasingannya di Jepang, di mana ia memiliki kewarganegaraan ganda, Fujimori mengundurkan diri dari jabatan presiden melalui faks.

Namun, upaya Fujimori untuk kembali ke dunia politik pada 2005 kandas setelah ia ditangkap di Chili dan diekstradisi ke Peru.

Pada 2009, ia dihukum 25 tahun penjara setelah dianggap bertanggung jawab atas pembantaian 25 orang, termasuk anak-anak, yang dilakukan oleh regu pembunuh yang beroperasi atas nama pemerintah.

Pengadilan tinggi Peru membebaskannya pada Desember lalu karena alasan kesehatan. Meski begitu, Fujimori tetap menjadi sosok yang kontroversial dalam politik Peru.

Pada Juli 2024, Keiko Fujimori mengungkapkan bahwa ayahnya berencana mencalonkan diri kembali sebagai presiden untuk masa jabatan keempat pada 2026. Namun, Fujimori meninggal sebelum rencananya terwujud.