Seiring bertambahnya usia, Bondan tak hanya berfokus pada karier solonya. Pada 1 Desember 1998, ia membentuk band Funky Kopral, di mana ia berperan sebagai bassist. Bersama band tersebut, Bondan sukses meluncurkan tiga album, termasuk satu album kolaborasi dan dua album studio. Salah satu pencapaian terbesar Funky Kopral adalah pada tahun 2001, ketika album kedua mereka, Funkadelic Rhythm and Distortion, berhasil memenangkan kategori Grup Alternatif Terbaik di ajang AMI Sharp Awards.

Tak berhenti di situ, pada tahun 2002, Funky Kopral berkolaborasi dengan musisi legendaris Setiawan Djodi dalam album Misteri Cinta. Kerja sama ini semakin memperkokoh posisi Bondan di dunia musik tanah air. Kemampuannya yang luar biasa dalam bermusik membawanya meraih penghargaan Kolaborasi Rock Terbaik di ajang AMI Awards tahun 2003.***