Dalam pernikahan pertamanya dengan Bangsdin M. Noor yang berlangsung sejak 1995, Wury dikaruniai dua orang putri. Setelah melalui proses perkenalan yang singkat, Wury dan Ma'ruf Amin melangsungkan pernikahan pada 31 Mei 2014 di Masjid Istiqlal, Jakarta. Mantan Wakil Presiden Jusuf Kalla dan mantan Menteri Koordinator Perekonomian Hatta Rajasa bertindak sebagai saksi dalam pernikahan tersebut.

Wury menamatkan pendidikan S1 di Akademi Kesehatan Gigi Poltekkes Departemen Kesehatan Republik Indonesia pada tahun 2001. Ia juga merupakan aparatur sipil negara yang bertugas di Suku Dinas Kesehatan Jakarta Selatan dan pernah menjadi perawat gigi di sebuah puskesmas di Pasar Minggu, Jakarta Selatan.

Selain itu, pada 14 Agustus 2023, Wury Estu Handayani termasuk di antara 18 tokoh yang menerima bintang tanda kehormatan yang diberikan langsung oleh Presiden Joko Widodo di Istana Negara. Wury dianugerahi Bintang Mahaputera Adipradana, sebagai salah satu bentuk penghargaan tertinggi yang diberikan negara.

Presiden Jokowi juga menganugerahi tanda kehormatan kepada 17 orang lainnya, termasuk Bintang Mahaputra Pratama, Bintang Jasa Utama, Bintang Budaya Parama Dharma, Bintang Jasa Pratama, dan Bintang Jasa Nararya, sesuai dengan Keputusan Presiden Nomor 66, 67, 68, dan 69 TK Tahun 2023 tentang penganugerahan tanda kehormatan Adipradana, Mahaputera, Bintang Jasa, dan Bintang Budaya Parama Dharma.