1. Ordo Crocodilia, yang menggambarkan reptil dengan ciri fisik menyerupai buaya. Di antara anggota ordo ini terdapat buaya, alligator, dan juga garial, dengan sekitar 23 spesies yang dikenal.

2. Ordo Sphenodontia, mewakili hewan tuatara yang jarang ditemui, bahkan mungkin tidak ada, di Indonesia. Ordo ini hanya memiliki dua spesies.

3. Ordo Squamata, merangkum beragam reptil dengan jumlah spesies yang sangat banyak, sekitar 7900 spesies. Di dalamnya termasuk kadal, ular, dan beberapa hewan amfibi.

4. Ordo Testudines, yang juga memiliki jumlah spesies yang cukup besar, sekitar 300. Ordo ini mencakup kura-kura dan penyu.